Тематические выставки, переодически экспонируемые в стенах музея,  дают возможность раздвинуть рамки общения с посетителями, воспитывают в них  стремление к активному познанию культурно-исторической среды.

«Море… И материал, и  вдохновенье » - выставка художественных работ Е. Г. Мазур стала первой выставкой музея. Удивительные пейзажи северной природы, изображения гармонично сосуществующих  человека, животных, птиц и моря, выполненные в технике ракушечной мозаики, вызвали высокий интерес у посетителей всех возрастов.

«По палубам и трюмам с юмором» — выставка коллекции игрушек Ю. С. Боршая дала возможность совершить увлекательное путешествие по пиратскому фрегату, наблюдая за командой

«морских волков» - игрушечных матросов всех времен и народов, собранных автором за многие годы. Выставка стала местом паломничества семей с детьми.
«Нахимовцы и суворовцы» - выставка открыток коллекционера А. В. Русских рассказала об организации учебы, свободного времени, об интересах и увлечениях воспитанников в отечественных закрытых военных учебных заведениях. Выставка дала возможность ознакомиться с историей и географией  этих образовательных учреждений.

«Я б в конструкторы пошел …» - выставка детских рисунков, отражающих фантазии юных посетителей музея на тему создания современного подводного корабля для Российского
флота.
«Фотопортреты кораблей» - выставка фотографий из частного исторического  архива А. А. Гармашева представила ретроспективный взгляд на историю подводных сил России. Динамику развития отечественной конструкторской мысли можно было наблюдать с помощью архивных фотографий высокого качества.
«Подводные лодки России и СССР на знаках» - выставка фалериста инженера-конструктора высшей квалификации ЦКБ МТ «Рубин» А. А. Дмитриева представила коллекцию нагрудных знаков и медалей, в которых наиболее полно отражена история отечественных подводных сил 1909 —2002 гг. Знаки стали своеобразным красочным историческим календарем, отражающим памятные и юбилейные события, спуск ПЛ на воду, вступление ее в строй ВМФ, завершение сложного похода и т.д. Выставка уникального собрания дает основания для серьезного и интересного познания истории подводного флота нашего отечества.